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生命科学特別研究Ⅲ

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令和４年度以降入学者 生命科学特別研究Ⅲ
教員名 末永敦
単位数    2 課程     開講区分 文理学部
科目群 相関理化学専攻
学期 前期 履修区分 選択必修
授業形態 対面授業
Blackboard ID 20231978
授業概要 タンパク質や核酸のような生体高分子の構造と機能に関して原子レベルで理解するために、コンピュータを用いた分子シミュレーションや高機能性分子設計といった理論的研究を行う（構造生物学・生体情報学・生物物理学）
授業のねらい・到達目標 タンパク質や核酸のような生体高分子の動的性質の解明を目的として、主体的に理論的研究が行えるように行えるようになることを目指す。最終的には研究発表や論文発表を通して自身の研究結果を成果物としてまとめ上げる方法についても学び、自身で研究成果を分かりやすく説明することができるようになる。前期においては、理論的手法を理解し、研究計画の道筋を立て、後期に行う本研究に向けた予備的な研究を行う。
授業の形式 研究、ゼミ
授業の方法 初回の授業はガイダンスを行う。
続いて、研究の背景や目的、方法に関する課題研究として、研究計画の作成を実践する。
授業開講時間内で、自身の研究計画や進捗状況を、研究室のメンバーに対してセミナー形式でプレゼンテーションを行い、その中で議論された内容は、研究計画の改良や論文作成の参考とする。
なお、主に指定されている授業開講時間以外の時間で、実際の研究活動を行う。この研究活動が本質的なものであり、授業開講時間で行う内容の補助ではないことに注意されたい。前期末には、それまでの研究成果をまとめて、研究発表（中間発表）を行う。年度末には、１年間の研究成果をまとめて研究発表を行い、論文を作成する。

対面授業に参加できない場合：個別に対面授業内容と同等のZoomやメール、オンデマンド教材の配布を行う。
その場合、成績には影響しない。
授業計画
1 ガイダンス　授業の進め方についての説明
【事前学習】生体高分子にはどのようなものがあるのか調査しておく （2時間）
【事後学習】生体高分子の構造と機能の関連性について十分に復習をしておく （2時間）
【授業形態】対面授業
2 計算機の使用法について
【事前学習】計算機の取り扱いについて調査しておく （2時間）
【事後学習】計算機の取り扱いについてもう一度自分で試しておく （2時間）
【授業形態】対面授業
3 生体高分子シミュレーションソフトウェアの使用法について１　構造可視化
【事前学習】生体高分子の構造について調査しておく （2時間）
【事後学習】構造可視化ソフトウェアの取り扱いについてもう一度自分で試しておく （2時間）
【授業形態】対面授業
4 生体高分子シミュレーションソフトウェアの使用法について２　構造モデリング
【事前学習】構造のモデリング技法について調査しておく （2時間）
【事後学習】構造モデリングソフトウェアの取り扱いについてもう一度自分で試しておく （2時間）
【授業形態】対面授業
5 生体高分子シミュレーションソフトウェアの使用法について３　分子ドッキング
【事前学習】分子ドッキング技法について調査しておく （2時間）
【事後学習】分子ドッキングソフトウェアの取り扱いについてもう一度自分で試しておく （2時間）
【授業形態】対面授業
6 生体高分子シミュレーションソフトウェアの使用法について４　エネルギー計算法
【事前学習】分子エネルギー計算法について調査しておく （2時間）
【事後学習】分子エネルギー計算ソフトウェアの取り扱いについてもう一度自分で試しておく （2時間）
【授業形態】対面授業
7 生体高分子シミュレーションソフトウェアの使用法について５　分子シミュレーション
【事前学習】分子シミュレーション技法について調査しておく （2時間）
【事後学習】分子シミュレーションソフトウェアの取り扱いについてもう一度自分で試しておく （2時間）
【授業形態】対面授業
8 生体高分子シミュレーションソフトウェアの使用法について６　データ解析
【事前学習】シミュレーションによって得られるデータについて調査しておく （2時間）
【事後学習】シミュレーション解析ソフトウェアの取り扱いについてもう一度自分で試しておく （2時間）
【授業形態】対面授業
9 研究計画の検討
【事前学習】生体高分子シミュレーションソフトウェアの取り扱いについてもう一度自分で試しておく （2時間）
【事後学習】シミュレーションの動向について確認しておく （2時間）
【授業形態】対面授業
10 研究計画の発表
【事前学習】シミュレーションの動向について確認しておく （2時間）
【事後学習】研究計画に則ったシミュレーションの実行について計画しておく （2時間）
【授業形態】対面授業
11 進捗状況のまとめと発表・講評
【事前学習】シミュレーションデータを解析しておく （2時間）
【事後学習】シミュレーションの調整を自分で行う （2時間）
【授業形態】対面授業
12 進捗状況のまとめと検討
【事前学習】シミュレーションデータを解析しておく （2時間）
【事後学習】シミュレーションの調整を自分で行う （2時間）
【授業形態】対面授業
13 研究結果の考察
【事前学習】シミュレーションデータを解析しておく （2時間）
【事後学習】追加解析の計画を行う （2時間）
【授業形態】対面授業
14 研究成果のまとめ
【事前学習】シミュレーションデータを解析しておく （2時間）
【事後学習】発表資料の作成 （2時間）
【授業形態】対面授業
15 研究成果発表・講評
【事前学習】発表資料の精錬を行う （2時間）
【事後学習】指摘箇所の修正を行う （2時間）
【授業形態】対面授業
その他
教科書 使用しない
参考書 使用しない
成績評価の方法及び基準 授業参画度(50%)、研究成果(50%)
研究成果として、研究の成功にとらわれず、研究に取り組む姿勢や失敗に対する問題解決努力等を評価する。
また、毎回の授業参加状況、研究ディスカッション等に対する質疑応答の様子などを「授業参画度」として評価する。
オフィスアワー 本館 5階 502。随時。事前にアポイントをとること。アポイントの取り方については第一回のガイダンス時に説明する。
Blackboardを介したメールでの質問も随時受け付ける。

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