生体情報学２

授業テーマ	生命情報科学の応用
授業のねらい・到達目標	生体高分子の運動における計算化学シミュレーション技術の基礎を理解する。生体情報学１で修得した知識・方法論をもとに、タンパク質と医薬品の分子設計の方法について詳しく学ぶ。
授業の方法	随時プリントを使用して行う。
事前学修・事後学修，授業計画コメント	授業内に小テストを行うので、しっかり復習する習慣を身につけること。

授業計画
1	ガイダンス（授業のテーマや到達目標および授業の方法について説明する）
2	分子力学　分子力場
3	分子シミュレーション１　シミュレーションとは
4	分子シミュレーション２　モンテカルロ法の方法論
5	分子シミュレーション３　遺伝的アルゴリズムの方法論
6	分子シミュレーション４　分子動力学法の方法論１
7	分子シミュレーション５　分子動力学法の方法論２
8	分子シミュレーション６　拡張分子動力学法
9	分子シミュレーション７　自由エネルギー計算法
10	分子シミュレーション８　分子動力学法の生体高分子への応用
11	薬剤分子の計算化学的設計１　分子ドッキング
12	薬剤分子の計算化学的設計３　実例
13	授業内試験とその解説
14	配布資料の自己調査　研究室において解説・質疑応答
15	総括（全体の復習・解説を行い授業の理解を深める）　質疑応答

その他
教科書	なし
参考書	なし
成績評価の方法及び基準	試験(50%)、授業参画度(50%)
オフィスアワー	本館 5階 502。　随時（事前にアポイントをとること。アポイントのとりかたについては第一回目のガイダンス時に説明する）
備考	生体情報学１を履修、もしくは相応の知識を修得していることが望ましい。物理シミュレーションについても履修していることが理想的である。