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物理生命シミュレーション

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平成27年度以前入学者 物理生命シミュレーション
教員名 末永 敦
単位数    2 学年    3 開講区分 文理学部
科目群 生命科学科
学期 後期 履修区分 選択
授業テーマ 生命情報学の実践
授業のねらい・到達目標 生体高分子の配列解析、立体構造予測、薬剤分子の分子設計等の生命情報学ツールを自ら操作し、それら一連技術の修得を目標とする。
授業の方法 インターネット上のツールや専用の分子設計支援ソフトを用いて、演習形式の授業を行う。
履修条件 使用ソフトライセンス数制限から、受講者数の調整を行うことがある。
事前学修・事後学修,授業計画コメント 2~3名が一組となる班ごとに実習を行う。実習前に事前に原理や手順について予習しておくこと。
授業計画
1 ガイダンス
2 生物学データーベースの利用
3 文献データベースの活用
4 配列情報からのタンパク質の機能予測
5 構造情報からのタンパク質の機能予測
6 生体高分子の観察I(核酸)
7 生体高分子の観察II(タンパク質)
8 配列比較
9 タンパク質の立体構造予測
10 薬剤の計算科学的分子設計I
11 薬剤の計算科学的分子設計II
12 分子シミュレーション
13 文献調査
14 授業内容の整理
15 総括 試験の解説 質疑応答
その他
教科書 『Webで実践 生物情報リテラシー (広川貴次・美宅成樹)』 中山書店 2013年 第初版
参考書 なし
成績評価の方法及び基準 出席状況(50%)、課題発表(50%)
オフィスアワー 本館 5階 502。随時(事前にアポイントをとること。アポイントのとりかたについては第一回目のガイダンス時に説明)
備考 生体情報学1、2を同時に選択していることが強く望まれる。
受講者数制限を行う可能性あり。

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